化学共生的基本机制源于深海环境中的化学能。化学共生系统中的能量主要来源于化学反应，通常是硫化氢（H₂S）或甲烷（CH₄）等化合物的氧化反应。这些化合物在深海热液喷口、冷泉和鲸落等环境中大量存在。在化学共生关系中，宿主通常是一些深海无脊椎动物，如贻贝目动物、囊螂科动物、以及巨型管虫等，而共生微生物则是化学合成细菌或古菌。这些微生物生活在宿主的特殊组织（如鳃或消化腺）内，通过化学反应生成有机物，提供给宿主营养。共生微生物通过硫氧化细菌将硫化氢氧化成硫酸盐，从中获取能量，并用二氧化碳合成有机物。这些